RSS    

Видеокурсы

Видеокурсы по ВТ

Опасности в социальных сетях

Социальные сети

Программы для бесплатного просмотра online tv...  

Компьютер заражен? Есть несколько вариантов вылечить ПК...

Стандарт LTE - Long-Term Evolution - или стандарт связи четвертого поколения (4G) считается перспективным... 



BLAST - семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот

BLAST (англ. Basic Local Alignment Search Tool) — семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент. Используя BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти последовательности предполагаемых гомологов. Является важнейшим инструментом для молекулярных биологов, биоинформатиков, систематиков.

Классификация программ серии BLAST

Семейство программ серии BLAST делится на 5 основных групп:

Нуклеотидные

предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков:

  • megablast — быстрое сравнение с целью поиска высоко сходных последовательностей,
  • dmegablast — быстрое сравнение с целью поиска дивергировавших последовательностей, обладающих незначительным сходством,
  • blastn — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей и др..

Белковые

предназначены для сравнения изучаемой аминокислотной последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков.

  • blastp — медленное сравнение с целью поиска всех сходных последовательностей,
  • cdart — сравнение с целью поиска гомологичных белков по доменной архитектуре,
  • rpsblast — сравнение с базой данных консервативных доменов,
  • psi-blast — сравнение с целью поиска последовательностей, обладающих незначительным сходством,
  • phi-blast — поиск белков, содержащих определённый пользователем паттерн и др.

Транслирующие

способны транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные:

  • blastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в кодируемые аминокислоты, а затем сравнивает её с имеющейся базой данных аминокислотных последовательностей белков,
  • tblastn — изучаемая аминокислотная последовательность сравнивается с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот,
  • tblastx — переводит изучаемую нуклеотидную последовательность в аминокислотную, а затем сравнивает её с транслированными последовательностями базы данных секвенированных нуклеиновых кислот.

Геномные

предназначены для сравнения изучаемой нуклеотидной последовательности с базой данных секвенированного генома какого-либо организма (человека, мыши и др.)

Специальные

прикладные программы, использующие BLAST:

  • bl2seq — сопоставление двух последовательностей по принципу локальных выравниваний,
  • VecScreen — определение сегментов нуклеотидной последовательности нуклеиновой кислоты, которые могут иметь векторное происхождение и др.

Лицензия Public Domain

Сайт http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

 

 

Оставьте свой отзыв:

Добавить комментарий


Защитный код
Обновить

 

Самое читаемое:

Быстрый поиск

Группа вКонтакте: новости

 

Новости в Twitter и Facebook

  подписка на новости в twitter              Подписка на новости facebook

Инструкции к программам

Инструкции к программам

Новые информационные технологии и программы